R/mod_tableGen_utils.R
prep_adsl.RdFunction to pre-filter the ADSL depending on the stan table selected
prep_adsl(ADSL, input_recipe)an ADSL data.frame
The shiny input that keeps track of the recipe selected
A `list` containing a `data.frame` object and character vector specifying the pre-filter applied.
data(adsl, package = "tidyCDISC")
# Process ADSL data for STAN table
prep_adsl(adsl, input_recipe = 'Table 3: Accounting of Subjects')
#> $data
#> # A tibble: 254 × 54
#> STUDYID USUBJID SUBJID SITEID SITEGR1 ARM TRT01P TRT01PN TRT01A TRT01AN
#> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <dbl> <chr> <dbl>
#> 1 CDISCPILOT… 01-701… 1015 701 701 Plac… Place… 0 Place… 0
#> 2 CDISCPILOT… 01-701… 1023 701 701 Plac… Place… 0 Place… 0
#> 3 CDISCPILOT… 01-701… 1028 701 701 Xano… Xanom… 81 Xanom… 81
#> 4 CDISCPILOT… 01-701… 1033 701 701 Xano… Xanom… 54 Xanom… 54
#> 5 CDISCPILOT… 01-701… 1034 701 701 Xano… Xanom… 81 Xanom… 81
#> 6 CDISCPILOT… 01-701… 1047 701 701 Plac… Place… 0 Place… 0
#> 7 CDISCPILOT… 01-701… 1097 701 701 Xano… Xanom… 54 Xanom… 54
#> 8 CDISCPILOT… 01-701… 1111 701 701 Xano… Xanom… 54 Xanom… 54
#> 9 CDISCPILOT… 01-701… 1115 701 701 Xano… Xanom… 54 Xanom… 54
#> 10 CDISCPILOT… 01-701… 1118 701 701 Plac… Place… 0 Place… 0
#> # … with 244 more rows, and 44 more variables: TRTSDT <date>, TRTEDT <date>,
#> # TRTDURD <dbl>, AVGDD <dbl>, CUMDOSE <dbl>, AGE <dbl>, AGEGR1 <chr>,
#> # AGEGR1N <dbl>, AGEU <chr>, RACE <chr>, RACEN <dbl>, SEX <chr>,
#> # ETHNIC <chr>, SAFFL <chr>, ITTFL <chr>, EFFFL <chr>, COMP8FL <chr>,
#> # COMP16FL <chr>, COMP24FL <chr>, DISCONFL <chr>, DSRAEFL <chr>, DTHFL <chr>,
#> # BMIBL <dbl>, BMIBLGR1 <chr>, HEIGHTBL <dbl>, WEIGHTBL <dbl>, EDUCLVL <dbl>,
#> # DISONSDT <date>, DURDIS <dbl>, DURDSGR1 <chr>, VISIT1DT <date>, …
#>
#> $message
#> [1] "Population Set: FASFL = 'Y'"
#>
# Return ADSL data if no STAN table selected
prep_adsl(adsl, input_recipe = "NONE")
#> $data
#> # A tibble: 254 × 54
#> STUDYID USUBJID SUBJID SITEID SITEGR1 ARM TRT01P TRT01PN TRT01A TRT01AN
#> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <dbl> <chr> <dbl>
#> 1 CDISCPILOT… 01-701… 1015 701 701 Plac… Place… 0 Place… 0
#> 2 CDISCPILOT… 01-701… 1023 701 701 Plac… Place… 0 Place… 0
#> 3 CDISCPILOT… 01-701… 1028 701 701 Xano… Xanom… 81 Xanom… 81
#> 4 CDISCPILOT… 01-701… 1033 701 701 Xano… Xanom… 54 Xanom… 54
#> 5 CDISCPILOT… 01-701… 1034 701 701 Xano… Xanom… 81 Xanom… 81
#> 6 CDISCPILOT… 01-701… 1047 701 701 Plac… Place… 0 Place… 0
#> 7 CDISCPILOT… 01-701… 1097 701 701 Xano… Xanom… 54 Xanom… 54
#> 8 CDISCPILOT… 01-701… 1111 701 701 Xano… Xanom… 54 Xanom… 54
#> 9 CDISCPILOT… 01-701… 1115 701 701 Xano… Xanom… 54 Xanom… 54
#> 10 CDISCPILOT… 01-701… 1118 701 701 Plac… Place… 0 Place… 0
#> # … with 244 more rows, and 44 more variables: TRTSDT <date>, TRTEDT <date>,
#> # TRTDURD <dbl>, AVGDD <dbl>, CUMDOSE <dbl>, AGE <dbl>, AGEGR1 <chr>,
#> # AGEGR1N <dbl>, AGEU <chr>, RACE <chr>, RACEN <dbl>, SEX <chr>,
#> # ETHNIC <chr>, SAFFL <chr>, ITTFL <chr>, EFFFL <chr>, COMP8FL <chr>,
#> # COMP16FL <chr>, COMP24FL <chr>, DISCONFL <chr>, DSRAEFL <chr>, DTHFL <chr>,
#> # BMIBL <dbl>, BMIBLGR1 <chr>, HEIGHTBL <dbl>, WEIGHTBL <dbl>, EDUCLVL <dbl>,
#> # DISONSDT <date>, DURDIS <dbl>, DURDSGR1 <chr>, VISIT1DT <date>, …
#>
#> $message
#> [1] ""
#>